Das Profil des Gymnasium Pegnitz gliedert sich in einen naturwissenschaftlich-technologischen, einen sprachlichen und einen sozialwissenschaftlichen Zweig. Die offene Ganztagsschule bietet Zusatzangebote wie Psychologie oder auch Astronomie in der hauseigenen Sternwarte. Es bestehen internationale Kontakte nach Italien, Frankreich und Tschechien.