Die Inhaltsstoffe von Heilpflanzen lassen sich verschiedenen Wirkstoffgruppen zuordnen. Die Wirkung von Heilpflanzen ist nur zu verstehen, wenn die therapeutischen Effekte, aber auch die Nebenwirkungen und Gefahren dieser Wirkstoffgruppen bekannt sind. Ohne dieses Wissen können Therapeuten weder aus den Inhaltsstoffen der Pflanzen ihre Wirkungsweise ableiten, noch individuelle Heilpflanzenrezepte erstellen, so dass sie von den genormten Indikationslisten der pharmazeutischen Industrie abhängig sind.
Die Phytotherapie ist die Grundlage für die therapeutische Arbeit des Heilpraktikers. Die Heilwirkungen von Pflanzen, ihre Indikationen und Kontraindikationen sind ein wesentlicher Bestandteil des naturheilkundlichen Wissens. Der Heilpraktiker verordnet individuell zusammengestellte Heilpflanzenmischungen, deren Auszüge meist als Tee und Tinktur eingenommen werden. Auch die Herstellung spezieller Salbenmischungen durch den Apotheker kann der Heilpraktiker per Rezept veranlassen.